После событий первого фильма Роуз ДаСилва и её приёмная дочь Шэрон остались в туманной реальности. Роуз смогла передать своему мужу Кристоферу Шэрон с помощью печати Метатрона, а сама остаётся в туманном мире. У Шэрон не осталось воспоминаний о поездке в Сайлент Хилл, и Кристофер сказал ей, будто бы Роуз погибла в автокатастрофе. Спустя годы, Кристофер и Шэрон живут под именами Гарри и Хизер Мейсон соответственно. Им приходится регулярно менять место жительства, чтобы спрятаться от секты. Меж тем самой Хизер в кошмарах снится Сайлент Хилл и её демоническая вторая половина — Алесса. По пути в очередную новую школу с Хизер попытался переговорить Дуглас Картланд, частный детектив, нанятый сектой, но главная героиня от него убегает. В школе, в своем классе, она знакомится с новичком Винсентом. В школе Хизер видит кошмарный мир...