Стивенс пробуждается внутри капсулы, где его через экран компьютера приветствует женщина в военной форме Коллин Гудвин и говорит Стивенсу, что он находится внутри «Исходного кода» — программы, которая позволяет вселяться в тело некоего человека в последние восемь минут его жизни. Ранее в тот же день бомба взорвалась и уничтожила поезд. Миссия Стивенса — найти бомбу и узнать, кто создал её, прежде чем ещё одна бомба, на этот раз нейтронная, взорвётся где-то в Чикаго, что может привести к гибели миллионов людей.